Logiciel TNPC
Chaque année, de nombreux pays fournissent des données d’âge qui sont essentielles à l’évaluation de l’état des ressources marines permettant d’élaborer des hypothèses sur leur évolution. L’âge d’un poisson est estimé à partir de l’analyse de ces pièces calcifiées (écaille, otolithe, vertèbre…). Chaque année, ce sont près d’1 million de pièces calcifiées (dont 35 000 en France) qui sont interprétées.
Développé en partenariat avec la société VSG (Visualization Sciences Group anciennement Noésis), le logiciel d'analyse d'images dédié aux pièces calcifiées, nommé TNPC (Traitement Numérique des Pièces Calcifiées), permet une assistance à la quantification et à l’interprétation des pièces calcifiées, un stockage numérique de matériel biologique pouvant se dégrader avec le temps, une facilité d’échange des données entraînant une meilleur qualification de l’estimation d’âge et enfin une diminution des coûts avec des processus d’automatisation.
Ce logiciel développé au départ pour les poissons est aussi utilisé actuellement pour d’autres animaux comme les céphalopodes ou des mollusques.
Fonctions du logiciel :
- Acquisition d’images individuelles et en série
- Annotation en mode “Live” des images
- Interprétation
- Analyse de forme
- Base de données
- Estimation automatique de l’âge individuel
- Estimation automatique des structures d’âge
- …
Comment a-t-il été élaboré au sein de l’Institut IFREMER ?
Une vingtaine d’années et divers projets de recherche ont été nécessaires pour développer ce logiciel. Il a été conçu et développé par le LASAA (Laboratoire de Sclérochronologie des Animaux Aquatiques, Centre de Brest). Deux thèses consécutives (par Hélène de Pontual puis Hervé Troadec) ont été à l'origine de l'émergence de cette thématique au sein de l’Institut. A la suite de son recrutement lors de la création du LASAA, Hervé Troadec a développé la première version du logiciel TNPC. Le choix, en 1994, de la plate-forme de développement Visilog a signé le démarrage du partenariat avec la société VSG (Visualization Sciences Group anciennement Noésis), en charge du développement des algorithmes développés par le laboratoire et ses collaborateurs (Ecole Nationale des Ingénieurs de Brest notamment). Diverses collaborations internationales ont ensuite permis de promouvoir cet outil à l'échelle européenne dès le milieu des années 90.
Ronan Fablet, spécialiste en traitement du signal, a repris le pilotage du développement de TNPC de 2003 à 2007. Il a coordonné la réalisation de la version V4 en 2005 et préparé la coordination d'un projet européen (AFISA - Automated Fish Ageing) dédié au développement de méthodes automatiques d'aide à l'estimation de l'âge.
Depuis 2009, le pôle de Sclérochronologie de Boulogne-sur-Mer continue le travail entrepris. Il en a consolidé et finalisé la version 5 et a développé avec la société Code Lutin, une plate-forme Web dédiée (http://www.tnpc.fr).
En 2017, la version 7 est sortie. Elle présente encore de nouvelles applications en particulier sur l'analyse de forme comme par exemple les descripteurs de Fourier.
Qui est l’entreprise partenaire commercial ?
VSG (Visualization Sciences Group anciennement Noésis) est une société leader dans le domaine de l’édition de logiciels de traitement et d’analyse d’images. Depuis 20 ans, VSG développe des solutions à destination des laboratoires scientifiques et industriels pour le traitement de leurs images. VSG propose des solutions simples et rapides pour l’acquisition, le stockage, et la quantification d’images, appliquées à de nombreux domaines : biologie, chimie, matériaux, métallurgie, géologie…
Prix décerné au logiciel
Le 19 Octobre 2010, lors de la remise des TROPHEES IFREMER, le logiciel TNPC s’est vu décerné le
« Trophée de l’Innovation scientifique, technique ou technologique »
Ce Trophée récompense une innovation à caractère scientifique, technique ou technologique qui peut potentiellement donner lieu au dépôt d’un brevet ou au développement d’un savoir-faire nouveau. Inventivité et pertinence applicative sont ici mises à l’honneur.
Informations et Commercialisation du logiciel: